Минусы использования сайтов на Flash (по значимости):
1. Сайты на FLash не индексируются поисковыми роботами, следовательно не возможно получить поисковый трафик, следовательно ваши потенциальные клиенты и посетители вас никак не найдут. SEO'шники в печали.
2. Не секрет, что продукция Apple (макбуки, файфоны, айпады) имеет сложности с отображение флеша. Стив Джобс был против этой технологии, т.к. по его мнение флеш создаёт слишком большую нагрузку и порождает проблемы с безопасностью.
3. Монолитность. Чтобы отредактировать страницы нужно редактировать исходники, в которых хранится всё, начиная от кода, заканчивая иллюстрациями, стилями и текстовым контентом.
4. Сложность редактирования. Я не видел новостных или постоянно обновляемых Flash-сайтов, в основном это сайты-презентации, визитки, галереи и т.д.
5. Стоимость разработки таких сайтов в среднем намного выше.
Ну и конечно же плюсы:
1. Самый главный плюс в интерактивности, во флеше можно сделать, то, что нельзя добиться никакими скриптами или вёрсткой. Можно создать эффект 3D, можно встроить мини-игру, можно сделать виртуальное путешествие.
2. Кроссбраузерность. Если сайт на флеше вообще отображается (что не всегда бывает: см. выше), то во всех браузерах одинаково.
Подытоживая отмечу, что единственное, ради чего стоит делать сайты на флеше, это невероятная интерактивность. Поэтому когда я вижу сайты на флеше, в которых реализован стандартный функционал с переключением страничек... на лице появляется идиотская улыбка.
Чтобы пояснить, что я понимаю под "интерактивностью", небольшая inspiring-подборка:

http://deanwest.com/

http://fnnseasons.com.sg/

http://petitguideboomerang.com/

http://www.urbansurvivors.org/